慶長15年(1610年) 小笠原長隆により
外神田の東本願寺内に源通寺創建。
信濃国の深志城(長野県松本城)の城主
小笠原長時の長子であった長隆は57歳の時
本願寺より阿弥陀如来を下附され
101歳で往生するまで布教に従事し
庶民の尊崇厚い人であった。
幾たびかの移転を重ね
明治41年にこの地(中野区上高田)に移る。
第二次大戦により本堂が焼失したが、
昭和24年、14代住職 釈祐正の時、仮堂を建立。
昭和45年、15代住職 釈祐純の時、本堂再建。
昭和56年11月古聖会館が落成。
平成5年に「同朋の会」(仏法を語らう会)が発足。
平成9年、16代住職 釈闡円のとき、聞思堂(納骨堂)が完成。
平成15年、六角堂(永代供養墓)が完成。